Analyse comparative de génomes microbiens       d’agents PGPR appliquée à la recherche de biofertilisants

OKACHA Meriem, - DAOUDI Nour Elhouda

dc.contributor.author	OKACHA Meriem, - DAOUDI Nour Elhouda
dc.date.accessioned	2020-10-15T08:45:23Z
dc.date.available	2020-10-15T08:45:23Z
dc.date.issued	2018
dc.identifier.uri	http://dspace.univ-djelfa.dz:8080/xmlui/handle/123456789/3258
dc.description	Certaines bactéries appartenant à la rhizosphère, nommées « PGPR », ou rhizobactéries promotrices de la croissance des plantes, sont capables d’exercer un effet bénéfique sur la croissance des plantes en augmentant la qualité des nutriments et en stimulant les mécanismes de défense inductibles chez l’hôte, entre autres, et de ce fait sont utilisées en agriculture pour la biofertilisation des sols. Parmi ces dernières, le genre Streptomyces se distingue par moult études confortant le caractère PGPR de plusieurs espèces au sein de ce genre, justifiant ainsi le choix du présent mémoire ayant porté sur un groupe de souches appartenant à ce genre, et ce précisément pour une analyse comparative de leurs génomes. Les études de génomique comparative reposent sur le principe selon lequel toute séquence d’ADN est soumise à la sélection naturelle. Ainsi, des caractères communs entre deux organismes seront souvent codés par des séquences génomiques conservées entre ces deux espèces (Miller et al., 2004 ; Hardison et al., 2003). À l’inverse, les séquences qui codent pour des fonctions spécifiques à chacune des espèces auront des profils de séquences divergents. Ce processus dit « d’annotation des génomes » en séquences fonctionnelles, est indispensable à la compréhension des phénomènes biologiques au niveau moléculaire et cellulaire, et a bénéficié largement de l’automatisation des programmes informatiques pour autoriser la comparaison de larges séquences d’ADN et maintenant de génomes entiers. L’objectif principale de notre étude consiste à analyser les génomes de souches candidates ou PGPR confirmés dans le but d’extraire des informations par rapport à leur caractère/potentiel PGPR appliqué au développement de biofertilisants, et ce en mettant en exergue la présence de particularité génétique en relation avec les mécanismes PGPR.	en_EN
dc.description.abstract	L’objectif principale de ce travail consiste à analyser les génomes de souches candidates (un set de 21 souches) ou PGPR confirmés appartenant au genre Streptomyces , dans le but d’extraire des données PGPR. La démarche scientifique abordée lors de la réalisation s’articule autour du choix des souches (screening de Streptomyces spp. en relation avec les plantes), leur annotation, suivi par une étude phylogénétique et phylogénomique des souches examinées par différentes approches, puis la comparaison des profiles génétique de métabolisme. L’analyse phylogénétique en se basant sur les gènes de l’ARNr 16S à permit de confirmer que ce gène été insuffisant pour assurer une bonne résolution du groupe en question. L’approche par FFP qui ne nécessite pas d’alignement, a aboutit à la meilleure représentation taxonomique des espèces des souches étudiées. L’approche par UBCG a faillit à décrire avec précision les différents taxa et leur relations évolutives. L’analyse comparative des tables de l’annotation à permit de mettre en évidence un pool commun de 3133 séquences codantes partagé par les souches du groupe en relation avec les plantes, ainsi que 751 protéines et un grand nombre de sous-systèmes (1523). L’outil Brig a aboutit à la visualisation d’une grande similarité séquentielle entre les souches du groupe en relation avec les plantes. L’outil online antiSMASH a révélé la richesse du génomes en gènes de métabolites secondaires chez les Streptomyces, avec la détection de clusters de gènes d’acide gras/saccharides ; métabolites putatifs ; de bactériocine/ lassopeptide ; d’association de métabolites secondaires ; de terpène ; de butyrolactone ; de lantipeptide ; de thiopeptide ; de siderophores ; de pks de type 1, 2 et 3; d’Indole ; de mélanine ; d’ NRPS ; d’Ectoine ; et de Hserlactone	en_EN
dc.description.sponsorship	Génomique, analyse comparative, Streptomyces spp., phylogénomie, annotation, métabolisme secondaire.	en_EN
dc.language.iso	fr	en_EN
dc.publisher	Université Ziane Achour -Djelfa :Faculté des Sciences de la Nature et de la Vie	en_EN
dc.relation.ispartofseries	Projet de fin d’étude En vue de l’obtention du Diplôme de Master;
dc.subject	Thème : Analyse comparative de génomes microbiens	en_EN
dc.title	Analyse comparative de génomes microbiens d’agents PGPR appliquée à la recherche de biofertilisants	en_EN
dc.type	Thesis	en_EN