L’importance de l’eau en tant que ressource indispensable et facteur de développement est universellement reconnue, la protection et la préservation de cette ressource contre la pollution nous conduit à évaluer et apprécier les paramètres qui influent sur la qualité des eaux superficielles etsouterraines. La présente étude s’est effectuée sur le grand bassin versant de l'oued Seybouse qui s’étend sur une superficie de 6471 km2. Il possède trois parties bien différentes : (1) les hautes plaines (Haute Seybouse), (2) le tell méridional (Moyenne Seybouse) et (3) le tell septentrional (Basse Seybouse). Nous avons étudié le bassin versant dans sa partie aval selon la disponibilité desdonnées. L'étude géomorphologique faitressortir les grandes diversités lithologiques qui emporte des conséquences sur la stabilité du régime des eaux de surface et souterraines. La géologie de la région d’étude fait partie de l'ensemble géologique du Tell algérien nord oriental. Elle est constituée essentiellement de deux formations géologiques qui affleurent le long de la région d’étude ; les formations mio-pliocène et quaternaires. Ces formations sont constituées essentiellement d’alluvions, graviers, limons, conglomérats, travertins perméables, présents sur l'ensemble du terrain et offre par conséquent un intérêt hydrogéologique, le trias gypsifère qui affleure au Sud de la région de Bouchegouf, qui est à l'origine de la contamination par les sels. Le couvert végétal est parfois dense parfois absent, il est souvent constitué par des plantes propres à la zone tel que le Guendoul, Rihane…parfois par des cultures. La connaissance de ces cultures est très importante pour l’étude de la pollution. La synthèse des données climatiques nous permet de distinguer que la région d’étude est soumise à un climat méditerranéen, elle est caractérisée par deux saisons distinctes, l’une pluvieuse humide à précipitations relativement élevées et des températures basses, l’autre sèche moins pluvieuse et avec des températures relativement élevées. La température moyenne annuelle est de 17,81 °C, elle est assez régulière, par contre, la moyenne annuelle des précipitations est de 659.48mm. L’étude hydrogéologique a pu mettre en évidence les formations aquifères et leurs caractéristiques, dans la zone d’étude nous pouvons distinguer trois principales nappes ; la nappe superficielle contenue dans les argiles sableuses, la nappe des graviers et la nappe des sables du massif dunaire de Bouteldja. Les relevés piézométriques effectués mettent en évidence deux types d’échanges entre les différents systèmes (oueds, nappe). Le premier montre que la nappe draine l’oued dans la partie amont quand le second montre que dans la partie aval c'est l’oued qui alimente lanappe. L’évaluation de la qualité des eaux de l'oued Seybouse a été effectuée par deux indicesde qualité (indice IPO et WQI). L’application de ces indices indique une situation presque identique au cours du temps, les résultats montrent que les degrés de pollution les plus élevés sont concentrés au niveau de l'agglomération El Hadjar et El Bouni par ailleurs les rejets urbains et industriels avec une qualité mauvaise à très mauvaise des eaux del'oued. Une pollution agricole marquée par la forte concentration en nitrates (NO3-) qui due à l’infiltration des eaux d’irrigation chargées par les engrais chimiques. Au niveau de puits P10, nous avons enregistré également une teneur importante en ammonium indique le contact des eaux souterraines avec les eaux de l’oued Meboudja qui est considéré comme un collecteur des eaux usées urbains et industriels. En rapprochant vers l’embouchure, nous avons noté l’effet de la salinité marine qui accroît la conductivité électrique et la salinité des eaux surtout avec les chlorures(Cl-).