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Analyse comparative de génomes microbiens d’agents PGPR appliquée à la recherche de biofertilisants

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dc.contributor.author OKACHA Meriem, DAOUDI Nour Elhouda
dc.date.accessioned 2023-01-18T09:55:03Z
dc.date.available 2023-01-18T09:55:03Z
dc.date.issued 2018
dc.identifier.uri http://dspace.univ-djelfa.dz:8080/xmlui/handle/123456789/4788
dc.description Lors de cette étude, il a été possible de combiner moult approches et outils de bioinformatiques afin de faire une analyse comparative entre un set de 21 souches appartenant au genre Streptomyces, en les divisant en deux groupe : l’un en relation avec les plantes, l’autre d’origines diverses non liées aux plantes, avec des génomes allant de celui de la souche Kitasatospora aureofaciens DM1 (6,8 Mb), à celui de la souche Streptomyces rapamycinicus NRRL5491 (12,7 Mb). Par ailleurs l’analyse phylogénétique en se basant sur les gènes de l’ARNr 16S à permit de confirmer que ce gène été insuffisant pour assurer une bonne résolution du groupe en question, et ce par les trois approches investiguées (copies sous représentées, copies sur représentées, séquences consensus). En outre, l’approche par FFP qui ne nécessite pas d’alignement, a aboutit à la meilleure représentation taxonomique des espèces des souches étudiées, en comparaison avec celle du gène de l’ARNr16 seul. Par ailleurs, l’approche par UBCG a faillit à décrire avec précision les différents taxa et leur relations évolutives. L’analyse comparative des outputs de l’annotation à permit de mettre en exergue un pool commun de 3133 séquences codantes partagé par les souches du groupe en relation avec les plantes, ainsi que 751 protéines et un grand nombre de sous-systèmes (1523). L’outil Brig a aboutit à la visualisation d’une grande similarité séquentielle entre les souches du groupe en relation avec les plantes, alors que celui des souches ayant des modes de vies différents, a démontré une similarité moindre entre les souches de ce groupe, si comparé au premier groupe. L’outils antiSMASH a révélé la richesse du patrimoine de métabolites secondaires chez les Streptomyces, avec la détection de clusters de gènes d’acide gras/saccharides ; métabolites putatifs ; de bactériocine/ lassopeptide ; d’association de métabolites secondaires ; de terpène ; de butyrolactone ; de lantipeptide ; de thiopeptide ; de siderophores ; de pks de type 1, 2 et 3; d’Indole ; de mélanine ; d’ NRPS ; d’Ectoine ; et de Hserlactone. L’ensemble de ces résultats constitue une très bonne base pour des études poussées quant aux particularités de chaque souche séparément, ou en comparaison croisée. Il serait idéal de prendre les listes générées par les analyses comparatives et de les étudier amplement pour leur contenu en gènes qui seraient liés à des mécanismes PGPR inconnue ou encore mal connu en_EN
dc.description.abstract L’objectif principale de ce travail consiste à analyser les génomes de souches candidates (un set de 21 souches) ou PGPR confirmés appartenant au genre Streptomyces , dans le but d’extraire des données PGPR. La démarche scientifique abordée lors de la réalisation s’articule autour du choix des souches (screening de Streptomyces spp. en relation avec les plantes), leur annotation, suivi par une étude phylogénétique et phylogénomique des souches examinées par différentes approches, puis la comparaison des profiles génétique de métabolisme. L’analyse phylogénétique en se basant sur les gènes de l’ARNr 16S à permit de confirmer que ce gène été insuffisant pour assurer une bonne résolution du groupe en question. L’approche par FFP qui ne nécessite pas d’alignement, a aboutit à la meilleure représentation taxonomique des espèces des souches étudiées. L’approche par UBCG a faillit à décrire avec précision les différents taxa et leur relations évolutives. L’analyse comparative des tables de l’annotation à permit de mettre en évidence un pool commun de 3133 séquences codantes partagé par les souches du groupe en relation avec les plantes, ainsi que 751 protéines et un grand nombre de sous-systèmes (1523). L’outil Brig a aboutit à la visualisation d’une grande similarité séquentielle entre les souches du groupe en relation avec les plantes. L’outil online antiSMASH a révélé la richesse du génomes en gènes de métabolites secondaires chez les Streptomyces, avec la détection de clusters de gènes d’acide gras/saccharides ; métabolites putatifs ; de bactériocine/ lassopeptide ; d’association de métabolites secondaires ; de terpène ; de butyrolactone ; de lantipeptide ; de thiopeptide ; de siderophores ; de pks de type 1, 2 et 3; d’Indole ; de mélanine ; d’ NRPS ; d’Ectoine ; et de Hserlactone. en_EN
dc.language.iso fr en_EN
dc.publisher Université Ziane Achour/Faculté des Sciences de la Nature et de la Vie en_EN
dc.subject Génomique, analyse comparative, Streptomyces spp., phylogénomie, annotation, métabolisme secondaire en_EN
dc.title Analyse comparative de génomes microbiens d’agents PGPR appliquée à la recherche de biofertilisants en_EN
dc.title.alternative Microbiologie Appliquée en_EN
dc.type Thesis en_EN


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