Analyse comparative de génomes microbiens d’agents PGPR appliquée à la recherche de biofertilisants

Abstract

L’objectif principale de ce travail consiste à analyser les génomes de souches candidates (un set de 21 souches) ou PGPR confirmés appartenant au genre Streptomyces , dans le but d’extraire des données PGPR. La démarche scientifique abordée lors de la réalisation s’articule autour du choix des souches (screening de Streptomyces spp. en relation avec les plantes), leur annotation, suivi par une étude phylogénétique et phylogénomique des souches examinées par différentes approches, puis la comparaison des profiles génétique de métabolisme. L’analyse phylogénétique en se basant sur les gènes de l’ARNr 16S à permit de confirmer que ce gène été insuffisant pour assurer une bonne résolution du groupe en question. L’approche par FFP qui ne nécessite pas d’alignement, a aboutit à la meilleure représentation taxonomique des espèces des souches étudiées. L’approche par UBCG a faillit à décrire avec précision les différents taxa et leur relations évolutives. L’analyse comparative des tables de l’annotation à permit de mettre en évidence un pool commun de 3133 séquences codantes partagé par les souches du groupe en relation avec les plantes, ainsi que 751 protéines et un grand nombre de sous-systèmes (1523). L’outil Brig a aboutit à la visualisation d’une grande similarité séquentielle entre les souches du groupe en relation avec les plantes. L’outil online antiSMASH a révélé la richesse du génomes en gènes de métabolites secondaires chez les Streptomyces, avec la détection de clusters de gènes d’acide gras/saccharides ; métabolites putatifs ; de bactériocine/ lassopeptide ; d’association de métabolites secondaires ; de terpène ; de butyrolactone ; de lantipeptide ; de thiopeptide ; de siderophores ; de pks de type 1, 2 et 3; d’Indole ; de mélanine ; d’ NRPS ; d’Ectoine ; et de Hserlactone.